Identificación de variantes de riesgo en regiones promotoras de genes asociados a esquizofrenia mediante tecnologías de secuenciación de nueva generación de alto rendimiento

Investigador Principal (IP): Costas Costas, Javier Código: PI11/00770
Convocatoria: Acción Estratégica en Salud 2011 (AES2011).Instituto de Salud Carlos III (ISCIII) y Ministerio de Ciencia e Innovación (MICINN)
Presupuesto: 163.626,00€  Fecha inicio: 01/01/2012  Duración: 3 años
Objetivos: identificación de variantes poco comunes que confieran riesgo a padecer esquizofrenia en regiones promotoras de: 1) genes de susceptibilidad a esquizofrenia, identificados mediante estudios de asociación a lo largo del genoma (GWAs) o alteraciones estructurales (translocaciones o variantes de número de copias, CNVs) que afectan a un único gen, 2) aquellos genes con mayor probabilidad de ser los responsables de la asociación entre CNVs que implican varios genes y esquizofrenia, 3) genes determinados, funcionalmente relacionados con los anteriores.

Palabras clave: biomedicina, bioinformática, enfermedades neurológicas y mentales, esquizofrenia, genoma, genes asociados, CNVs, GWAs, secuenciación de alto rendimiento.

EQUIPO

Apellidos Nombre Titulación/ Categoría
Costas Costas Javier Biología, doctor
Arrojo Romero Manuel Psiquiatría, doctor
Torres Español María Biología, doctor
Sobrino Rey Beatriz Biología, doctor
Ramos Ríos Ramón Psiquiatría, doctor

ENTIDADES PARTICIPANTES Y COLABORADORAS

Nombre Siglas Tipo/ Categoría
Instituto de Investigacion Sanitaria de Santiago IDIS Organismo público
Fundación Pública Galega de Medicina Xenómica FPGMX Organismo público
Centro Nacional de Genotipado CEGEN-USC Organismo público
Servizo Galego de Saúde SERGAS Organismo público
Centro de transfusión de Galicia CTG Organismo público

Resumen y justificación del proyecto.

El presente proyecto tiene por objetivos la catalogación y caracterización bioinformática de las variantes desecuencia existentes, así como la búsqueda de variantes poco comunes que confieran riesgo a padeceresquizofrenia en regiones promotoras de: 1) genes de susceptibilidad a esquizofrenia identificados medianteestudios de asociación a lo largo del genoma (GWAs) o alteraciones estructurales (translocaciones o variantes denúmero de copias, CNVs) que afectan a un único gen, 2) aquellos genes con mayor probabilidad de ser losresponsables de la asociación entre CNVs que implican varios genes y esquizofrenia, 3) determinados genesfuncionalmente relacionados con los anteriores. Para ello se recurrirá a la secuenciación masiva de nuevageneración de las regiones promotoras proximales de estos genes mediante el sistema Solid de AppliedBiosystems. La caracterización funcional de las regiones promotoras se realizaráempleando bases de datos como cisRED, ORegAnno o JASPAR y datos de conservación de secuencia medianteproyección filogenética y puntuaciones de phyloP. La principal hipótesis a contrastar será el exceso de portadoresde variantes poco comunes con posible impacto en la regulación de la expresión en las regiones promotoras decada gen bajo análisis en la comparación entre pacientes esquizofrénicos y controles poblacionales, ponderandolas distintas variantes por su probabilidad de ser funcionales y su frecuencia (asumiendo que a menor frecuencia.tendrán más probabilidad de tener mayor efecto, de acuerdo con el equilibrio mutación-selección).

Plan de trabajo planteado y cronograma.

esquizofrenia

Estatus actual/ Resultados.

Proyecto en marcha. Fecha prevista finalización: 31/12/2014

ND

Publicaciones asociadas.

ND